Id. es la abreviatura de Ídem, no de Identificador
De acuerdo a Diccionario de dudas, Vol. 2, de Antonio Fernández Fernández, Id. es la abreviatura de Ídem en su versión latina. No encontré que se utilice como abreviatura de Identificación, aunque quedo atento a referencias de fuentes confiables que puedan usarla. De cualquier manera, para no generar ambigüedades, quizá sea procedente dejar de abreviar la palabra o utilizar un símbolo (por ejemplo, dentro de Mantis BT se suele utilizar el numeral # en lugar de ID).
Cuando significa ídem se le añade tilde o se deja en cursivas (así lo manda la Ortografía de 2010, por tratarse de un latinismo). Pero como indicas, esto es informática y no literatura, así que la confusión sería mínima. Pero concuerdo en dejar de abreviarlo cuando no es necesario. (Otra, # significaría ‘número’, y eso en español se abreviaría n.º. El # no se entiende como numeral en todos los países hispanohablantes). Saludos :-)