メッセージ中にハードコードされた名前空間名
もし、例えば日本語のシステムメッセージだけに ns のマジックワードを使い、日本語ウィキだけについて考えるのなら、ほとんど問題は起きません。使用言語を他言語に設定した場合、そこで使用されるシステムメッセージには ns のマジックワードは使われませんから。しかし、もし他の言語のメッセージにもすべて ns を使用すれば、ご指摘の問題が生じます。ns はそのウィキで使用されている正式な名前空間名を返すマジックワードだからです。そして translatewiki.net の作業として、日本語のメッセージだけにマジックワードを組み込むようなことはよくないと思います。
また、日本語のシステムメッセージだけに ns を使用した場合でも、サイト言語が日本語以外のウィキに行って使用言語を日本語にすると、ns のところだけそのサイト言語での表記になってしまいます。タイ語のウィキなら พิเศษ ページ、ロシア語のウィキなら Служебная ページなどなど。
{{ns:1}} を使用した場合の影響について了解しました。 それならば、{{int:Talk}} はどうでしょうか? タイ語版だろうがロシア語版だろうが、言語設定を日本語にすればカタカナの「トーク」になりますが。
Talk ("Discussion
")はタブに表示するメッセージであり、名前空間名と一致していることはありません。事実(MediaWikiのローカライズに興味があるようなので、ご存知だとは思いますが)原文つまり英語ではDiscussionとなっており、名前空間名であるTalkではありません。私はen,ja,deしか分かりませんが、他の言語ではもっとタブと名前空間名が異なっているところもあるかもしれません(そういうことも可能です)。
また、名前空間名自体を指すシステムメッセージはなかったように思います。
そしてもし仮にそのような技術的な問題が可能であっても、Aotakeさんが先に述べているように、仮に変えるなら全言語のシステムメッセージで統一して変えないことには、他言語と表示される内容が一致しない場合があり、私が既に述べているように、原文を尊重する地域化を行なうなら、日本語版だけ勝手に変えるのはまずいように思います。
というわけで、もし変更してほしい場合は、日本語の翻訳者ではなく、MediaWikiの開発者に意見し、メッセージ自体を変えてもらうのが一番早くて効率的だと思います。