ウィキメディア財団のサイト以外でも「ウィキメディア財団」とされてしまうメッセージ

それらは元の英語メッセージが「ウィキメディア（財団）」となっているため、翻訳レベルではどうしようもないですね・・・。直すのであれば、各機能の開発者にbugzillaで依頼するか、あるいは直接自分で直してpull requestを送って、機能自体を変更するしかないように思います。